作为学校档案工作的职能管理单位和我校实体档案的存储保管场所，负责集中统一管理党政、教学、科研、基建、设备、产品、财务、外事、声像、实物等12大类档案。

我校馆藏档案历史悠久，内容丰富，分为万县师范专科学校、万县教育学院、四川三峡学院、重庆三峡学院等自建校以来各个时期的档案资料共4个全宗。重庆三峡学院馆藏档案历史可以追溯到1956年7月，即四川省万县初中师资训练班创办之初所形成的档案。自1956年以来，累计形成档案、资料案卷数量57819卷、实物档案1047件、其他载体档案（包括纸质照片、录音磁带、缩微胶片等）近1500余件。