1988年5月，伴随《档案法》的颁布，万县师范专科学校综合档案室成立。由此，学校档案工作机构正式成立。

1994年3月，经国家教委批准撤销万县师范专科学校，成立四川三峡学院，档案室也随之更名为四川三峡学院综合档案室。

2000年2月，四川三峡学院更名为重庆三峡学院，档案室随之更名为重庆三峡学院综合档案室。

2005年10月，档案室通过重庆市档案达标验收，达到档案工作目标管理国家二级标准。是年，重庆三峡学院综合档案室被评为重庆市2005年企事业档案工作先进单位。

2008年3月，重庆三峡学院综合档案室更名为重庆三峡学院档案馆，隶属于校长办公室，为副处级单位。

2022年5月，根据学校事业发展需要成立重庆三峡学院档案馆（校史馆），属正处级建制。